Snížení frekvence infekcí
Prostřednictvím ochranných látek obsažených v mateřském mléce (imunoglobulin A, laktoferin, lyzozym, oligosacharidy – viz výše) je dítě s nedostatečně vyvinutým imunitním systémem chráněno proti některým infekcím. Kojení v prvních měsících života významně snižuje frekvenci zánětů nosohltanu a středouší dokonce i ve věku 6 let. Efekt kojení může být patrný i později v případě zánětů dutin. Dále je prevencí průjmových onemocnění.
Snížení alergií
Kojení prokazatelně snižuje riziko rozvoje atopického ekzému a bronchiálního astmatu. Zavádění složek potravy, které mohou vyvolat alergické reakce (odborně alergeny) v období tzv. imunologického okna (4.–6. měsíc) snižuje riziko potravinových alergických reakcí, včetně alergie na pšenici. Dále se zdá, že zavedení lepku ještě v době kojení je i určitou prevencí celiakie.
Snížení rizika rozvoje civilizačních chorob
Ukazuje se, že časná výživa dětí je zásadní pro tzv. nutriční programování, které může mít v některých případech za následek rozvoj civilizačních chorob. Bylo prokázáno, že kojení snižuje riziko obezity, cukrovky 2. typu, vysokého krevního tlaku a vysoké hladiny cholesterolu v pozdějším věku.
Kojení dále snižuje riziko rozvoje syndromu náhlého úmrtí novorozence.